Para a emissão de CT-e, que necessitam calcular redução de base de ICMS, deve ser configurado no imposto por CST o flag Reduz de ICMS. No campo % Reduz ICMS informar o percentual de redução.
Módulos->Cadastros->Comercial->Impostos por CST
Na emissão do CT-e, ao clicar para emitir, no campo base de ICMS irá mostrar o valor da base já com a redução
No XML irá gerar na tag pRedBC com o percentual de redução do imposto, e na tag vBC a Base de Cálculo já com a redução.
Na DACTE irá constar no campo Base de Cálculo o valor da base com a redução e no campo % Red. BC. CALC, o percentual de redução que teve na base de cálculo.
Para Orientações de quando utilizar a Redução de Base deve consultar a contabilidade.