Criado preferência na qual, desconta do total do item o valor de desoneração do mesmo.
Para descontar o valor deve utilizar a preferência no imposto por cst:
Módulos->Cadastros->Comercial->Impostos por CST
Ao lançar o pedido de saída, o valor de desoneração do item será descontado do valor total do mesmo.
Módulos->Saídas->Pedido de Saída
Para conferir o valor da desoneração, pode conferir no xml na tag vICMSDeson, ou na DANFE nas observações.