Criado opção na preferência da duplicação automática para não duplicar o valor do desconto concedido no pedido original.
A configuração necessária, é marcar o flag Sem desconto na configuração da duplicação.
Módulos->Cadastros->Comercial->CFOP
No pedido de saída, ao duplicar automático o pedido, não constará os descontos informados nos campos desconto incondicional, desconto em valor ou desconto em %.
Módulos->Saídas->Pedido de Saída
Pedido duplicado automático
Para saber como utilizar a duplicação automática no pedido de saída, manual da configuração necessária no link abaixo.