Ao efetuar uma baixa em que o valor recebido é maior que o valor do título é possível gerar um crédito da diferença do valor.
Irá lançar um débito para o Fornecedor->Financeiro-> Pendência
No contas corrente irá lançar um crédito no valor total recebido.
Ao fazer a baixa no contas a receber em um próximo título para esse cliente vai dar mensagem que o cliente possui crédito de pendência, perguntado se deseja abater na baixa.
Clicando em sim vai abrir a tela trazendo o valor total da pendência do cliente. Caso deseje abater somente um valor parcial, no campo valor da baixa deve informar o valor a ser abatido naquela baixa.
Na baixa vai gerar uma linha com o valor na coluna desconto.
E vai abater do crédito de pendência do cliente.